邓正来长期致力于西方人文社会科学学术经典著作的汉译工作，组织、策划并翻译出版了大量学术名著，是“我国近二十年来西学东译的最重要的代表人物”。早在1987年，他就担任华夏出版社“二十世纪文库”学术编委和总审校，并在该丛书中翻译出版了新中国第一本最具影响力的西方法哲学著作《法理学：法哲学及其方法》（博登海默著），该书迄今仍是中国法学界引证数最高的西方法学著作。1988年以来，他先后任中国人民公安大学出版社“国际政治学汉译名著”和中国人民大学出版社“国际政治学名著译丛”等丛书总审校及北京大学“政治哲学和法律哲学”主编等职，并主持翻译了《牛津法律大词典》、《布莱克维尔政治学百科全书》、《布莱克维尔政治思想百科全书》（新修订版）和《布莱克维尔政治制度百科全书》（新修订版）等大型工具书，为扩展中国社会科学、特别是法学和政治学等学科的理论视野做出了不可替代的杰出贡献。他还完成了哈耶克《自由秩序原理》、《法律、立法与自由》（主译）和《个人主义与经济秩序》等代表性论著220万余字的汉译工作，被公认为对哈耶克思想在汉语世界的传播做出了最大贡献。此外，他还是罗斯科•庞德《法律史解释》和《法理学》（第一、二卷）、乔治•萨拜因《政治学说史》及布迪厄等著《实践与反思：反思社会学导引》等10余部论著的译者或校者，为我国人文社会科学研究提供了丰富的学术资源和前沿性理论宝库。

邓正来是当代中国社会科学学术事业的杰出组织者。他既是当代中国多个著名学术刊物的创办者，也是多个著名学术平台和学术机构的创立者，还是大型学术丛书和前沿学术讨论的策划者和组织者。他先后创办了中国首批严格遵循国际学术规范的学术刊物《中国社会科学季刊》、中国第一本书评专刊《中国书评》、中国第一本西方法哲学研究专刊《西方法律哲学家研究年刊》及中国第一本政治哲学研究专刊《复旦政治哲学评论》等学术刊物。由他主编的各类学术刊物累积出版84期（本）。他先后创立了中国访问量最大的以学者个人命名的学术网站“正来学堂”（截止2013年1月26日，访问量已逾1500万人次）、中国内地第一家以社会科学跨学科研究为旨趣的实体科研机构复旦大学社会科学高等研究院、中国内地第一家以“全球化”为主题的中文在线学术杂志《耶鲁全球在线（复旦版）》及中国第一家以当代中国问题的跨学科研究为旨趣的科研机构复旦大学当代中国研究中心等学术平台或学术机构。除了策划大型学术译丛外，他还策划了法律出版社“中国法律哲学临界丛书”、复旦大学出版社“重新发现中国文丛”和“中国深度研究文丛”、上海人民出版社“当代中国发展论丛”等学术丛书，组织出版了一大批主题鲜明、论说严谨的学术论著。